Este Centro de Referencia inició sus funciones en 1991, como coordinador de la Red Nacional de Laboratorios para el Diagnóstico del Cólera.  Posteriormente, a partir del 2003 adquirió el nombre actual: Centro Nacional de Referencia de Bacteriología (CNRB), para abarcar una gama más amplia de eventos a vigilar.

En la actualidad el CNRB está conformado por las secciones de: Enteropatógenos, Inmunoprevenibles y Bacterias Especiales, Antimicrobianos y Enfermedades Febriles Zoonóticas.

Como Centro de Referencia, la vigilancia basada en laboratorio es el eje central de su quehacer.  Sin embargo, también realiza actividades de enseñanza, aseguramiento de la calidad e investigación aplicada.

El CNRB es responsable de coordinar, a nivel nacional, la vigilancia de laboratorio de enfermedades bacterianas y otros eventos de importancia para la salud pública, a saber:

-      Enfermedades diarreicas y otras transmitidas por alimentos, incluyendo el apoyo logístico para la  investigación de brotes y defunciones y la caracterización de diferentes agentes bacterianos (con énfasis en Salmonella, Shigella, Campylobacter, Vibrio cholerae, otros vibrios, Escherichia coli diarrogénica, Clostridium perfringens, Yersinia enterocolitica, Listeria monocytogenes, entre otros); así como el diagnóstico diferencial de diferentes virus causantes de diarrea.

-      Enfermedades inmunoprevenibles de origen bacteriano, incluyendo tos ferina (Bordetella pertussis), meningitis, neumonías y otras infecciones por Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae y Haemophilus influenzae.

-     Enfermedades febriles zoonóticas (brucelosis, leptospirosis, rickettsiosis y erlichiosis).

-     Resistencia a los antibióticos (tanto de gérmenes comunitarios, como de aquellos asociados a la atención de la salud).

-     Otras enfermedades emergentes de origen bacteriano

Para ello, el CNRB coordina la Red Nacional de Laboratorio de Bacteriología (RNLB), 

integrada por más de 75 laboratorios clínicos y ambientales, tanto

públicos como privados.  El CNRB apoya a la Red ofreciendo diagnósticos especializados de interés en salud pública, que por su alto grado de complejidad, su costo o baja prevalencia de la enfermedad, no amerita que se realicen en los niveles locales. También realiza diagnósticos diferenciales de diferentes enfermedades y la confirmación / tipificación de bacterias que se encuentran bajo vigilancia nacional.

El CNRB es el punto focal de país de las redes de vigilancia internacional en el área de su competencia, tales como WHO-GFN (Global Foodborne Infections Nework), ReLavra (Red Latinoamericana de Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos) y SIREVA II (Sistema de Redes de Vigilancia de los Agentes Responsables de Neumonías y Meningitis Bacterianas), lo que permite homologar y vincular la vigilancia nacional al contexto internacional y dar cumplimiento a los compromisos del Reglamento Sanitario Internacional (RSI-2005). En la actualidad, el CNRB es un centro de apoyo referencial y de capacitación para México, Centroamérica y el Caribe de habla latina, en lo relacionado con las enfermedades transmitidas por alimentos y la resistencia a los antimicrobianos.

El quehacer del CNRB es evaluado regularmente por organismos internacionales de reconocido prestigio, que garantizan la calidad de su labor. Desde el 2018, cuenta con una acreditación del Ente Costarricense de Acreditación (ECA).