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Francisco Duarte Martínez

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CNR Inocuidad Microbiológica de Alimentos

 

Vigilancia epidemiológica de patógenos bacterianos y otros agentes microbiológicos de importancia en salud pública.

Técnicas microbiológicas fenotípicas, de biología molecular y genómicas para tipificación y subtipificación.

 

 

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Microbiólogo Químico Clínico de formación  (Universidad de Costa Rica), tengo una Maestría Académica en Microbiología (Universidad de Costa Rica). Mis temas de investigación se relacionan principalmente con patógenos de transmisión alimentaria y el uso de técnicas de ácidos nucleicos, para la vigilancia epidemiológica basada en laboratorio de patógenos de importancia en Salud Pública. He investigado la utilidad de técnicas fenotípicas, de biología molecular y genómicas para la detección, tipificación y subtipificación de patógenos como Salmonella sp., Shigella/Escherichia coli (patógenas), Vibrio cholerae, Listeria monocytogenes entre otros. También he trabajado con la caracterización genómica de Neisseria meningitidis y el SARS-CoV-2. Desde 2007 pertenezco a la red de subtipificación molecular de patógenos de transmisión alimentaria PulseNet Latino América y Caribe (OPS/CDC) y participo como punto focal para Costa Rica.

 

Publicaciones representativas

Molina-Mora, J.A., Gonzalez, A., Jimenez-Morgan, S.,  Cordero-Laurent, E., Brenes, H., Soto-Garita, C., Sequeira-Soto, J., and Duarte-Martinez, F. Clinical profiles at the time of diagnosis of COVID-19 in Costa Rica during the pre-vaccination period using a machine learning approach. Preprint| medRxiv| ID:ppmedrxiv-21259157

Molina-Mora, J.A., Cordero-Laurent, E., Godínez, A., Calderón, M., Brenes, M., Soto-Garita, C., Pérez-Corrales, C., COINGESA-CR Consorcio Interinstitucional de Estudios Genómicos del SARS-CoV-2 Costa Rica, Drexler, J.F., Moreira-Soto, A., Corrales-Aguilar, E. and Duarte-Martínez, F. SARS-CoV-2 Genomic Surveillance in Costa Rica: Evidence of a Divergent Population and an Increased Detection of a Spike T1117I Mutation. doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.21.423850

Rodríguez-González, M.J., Jiménez-Pearson, M.A., Duarte-Martínez, F., Poklepovich, T., Campos, J., Araya-Sánchez, L.N., Chirino-Trejo, M., and Barquero-Calvo, E. Multidrug-Resistant CTX-M and CMY-2 Producing Escherichia coli Isolated from Healthy Household Dogs from the Great Metropolitan Area, Costa Rica. DOI: 10.1089/mdr.2020.0146

Perez-Sepulveda, B. M., Heavens, D., Pulford, C. V., Predeus, A. V., Low, R., Webster, H., . . . Hall, N. (2020). An accessible, efficient and global approach for the large-scale sequencing of bacterial genomes. doi:10.1101/2020.07.22.200840

Castellanos, L. R., Bloois, L. V., Donado-Godoy, P., Veldman, K., Duarte, F., Acuña, M. T., . . . Zomer, A. L. (2020). Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica Serovar Paratyphi B Variant Java in Poultry from Europe and Latin America. Emerging Infectious Diseases, 26(6), 1164-1173. doi:10.3201/eid2606.191121

Brengi, S. P., Sun, Q., Bolaños, H., Duarte, F., Jenkins, C., Pichel, M., . . . Xu, J. (2019). PCR-Based Method for Shigella flexneri Serotyping: International Multicenter Validation. Journal of Clinical Microbiology, 57(4). doi:10.1128/jcm.01592-18

Torres-Mejía AM, Blanco-Peña K, Rodríguez C, Duarte F, Jiménez-Soto M, Esperón F. (2018). Zoonotic Agents in Feral Pigeons (Columba livia) from Costa Rica: Possible Improvements to Diminish Contagion Risks. Vector Borne Zoonotic Dis. Jan;18(1):49-54. doi: 10.1089/vbz.2017.2131. Epub 2017 Dec 15.

Baker, K., Campos, J., Pichel, M., Gaspera, A. D., Duarte-Martínez, F., Campos-Chacón, E., . . . Thomson, N. (2017). Whole genome sequencing of Shigella sonnei through PulseNet Latin America and Caribbean: Advancing global surveillance of foodborne illnesses. Clinical Microbiology and Infection, 23(11), 845-853. doi:10.1016/j.cmi.2017.03.021

Campos, J., Pichel, M., Vaz, T., Tavechio, A., Fernandes, S., Muñoz, N., . . . Gutierrez, E. P. (2012). Building PulseNet Latin America and Caribbean Salmonella regional database: First conclusions of genetic subtypes of S. Typhi, S. Typhimurium and S. Enteritidis circulating in six countries of the region. Food Research International, 45(2), 1030-1036. doi:10.1016/j.foodres.2011.10.020.

Duarte-Martínez, F., Sánchez-Salazar, L. M., Acuña-Calvo, M. T., Bolaños-Acuña, H. M., Dittel-Dittel, I., & Campos-Chacón, E. (2010). SALMATcor: Microagglutination for Salmonella Flagella Serotyping. Foodborne Pathogens and Disease, 7(8), 907-911. doi:10.1089/fpd.2009.0492

Bolaños-Acuña, H.M., Acuña-Calvo, M.T., Duarte-Martínez, F., Salazar-Castro, W., Oropeza-Barrios, G., Sánchez-Salazar, L.M., Campos-Chacón., E. Brotes de diarrea e intoxicaciones transmitidas por alimentos en Costa Rica, 2005. Acta méd. Costarric vol.49 n.4 San José Oct. 2007. On-line versión ISSN 0001-6002Print versión ISSN 0001-6012.

 

 

Cursos Impartidos:

Whole genome sequencing laboratory and data analysis training using bionumerics, Inciensa/CDC

Genomics and Epidemiological Surveillance of Bacterial Pathogens, Universidad Costa Rica/Wellcome Trust

Microbiología de alimentos, UCIMED

Bioquímica, UACA

 

Reconocimientos:

PulseNet Especial Recognition Award 2017, “Enteric Diseases Laboratory Branch (EDLB) of the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and the Association of Public Health Laboratories (APHL), USA”.

 

Fecha última actualización: 09/08/2021

 

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